Jeśli w ciągu głównym liczysz współrzędne punktów, a za pomocą cli, sei pozwalasz na wykonanie procedury IRQ, która w międzyczasie nadeszła, to może prościej (i szybciej) byłoby wywołać zwykły jsr bez uruchamienia przerwań. Przyjęcie procedury przerwania wymaga:
- zakończenia bieżącego cyklu rozkazowego (czyli cli) - rozkaz sei pobrany prefetchem podczas wykonania cli zostaje zignorowany,
- przyjęcia przerwania przez cpu - 7 cykli (odłożenie powrotu i rejestru znaczników cpu na stos, wstawienie adresu procedury obsługi przerwania z $fffe do pc),
- przy powrocie z przerwania rti wykona się drugie 7 cykli.
A jsr zajmie 6 cykli + 6 cykli rts, nie komplikuje algorytmu, jest przejrzystsze.

Edit: A jeśli już koniecznie chcesz użyć przerwań, to zrób zamiast cli, sei po prostu brk!

Tak.

Procesor zajmuje się wykonywaniem Twojego programu. W momencie kiedy pojawi się sygnał przerwania ustawiana jest odpowiednia flaga żądania obsługi w IRQST. Jeśli znacznik I procesora jest zgaszony (a gasi go rozkaz CLI), wtedy wykonywanie programu jest zawieszane, a CPU zajmuje się wykonaniem procedury obsługi przerwania. Po wykonaniu obsługi wraca z powrotem do wykonywania programu od miejsca w którym mu przerwano.
Jeśli znacznik I jest ustawiony, to CPU nie wykonuje przerwania. Do chwili kiedy nie skasujesz flagi I po prostu przerwania nie będą obsługiwane, ale odpowiednie znaczniki ciągle będą się palić w IRQST. Jak odblokujesz przerwania (CLI), wtedy procesor będzie ciągle przerywał Twój program i będzie obsługiwał przerwania do chwili kiedy w IRQST nie zniknie ostatnie żądanie. Żądanie obsługi przerwania znika kiedy następuje potwierdzenie jego obsługi - odbywa się to przez Twoją procedurę obsługi przerwania w sposób, jaki opisano wyżej - przez zablokowanie danego przerwania w IRQEN i ponowne jego włączenie w tym samym rejestrze.

Edit: Jeśli źródło przerwań zgłasza je często (TIMER1 może to robić BARDZO często - szczególnie z ustawionym zegarem 1.77MHz), może się zdarzyć, że podczas obsługi przerwania nadejdzie nowe żądanie. Wtedy po zakończeniu obsługi bieżącego przerwania CPU od razu wejdzie z powrotem do procedury obsługi przerwania.

Z tego co piszesz nie ustawiasz rejestru zezwolenia na przerwanie IRQEN ($D20E) wartością zezwalającą na przerwanie TIMER1 (#1).
SEI powoduje zablokowanie obsługi przerwań przez CPU, a CLI odblokowanie obsługi ale tylko tych, które są dozwolone w IRQEN. W żadnym wypadku NIE WYGENERUJE żadnego przerwania.
IRQST ($D20E) zawiera flagi informujące, że dane źródło przerwania IRQ jest aktywne. Poprawna obsługa przerwania polega na zablokowaniu i ponownym odblokowaniu przerwania w IRQEN dzięki czemu zniknie flaga zgłoszenia w IRQST.

Metoda jest tutaj.
Moja jest tylko minimalnie zmodyfikowana - wygląda tak:

  sei
  ldx #0        ;reset pokey1
  stx audctl
  ldy #%11
  sty skctl
  lda irqens    ;blokada przerwania licznika 1 pokey1
  and #%11111110
  sta irqen
  stx audf1      ;wyciszenie kanalu 1 pokey1
  stx audc1
  
  lda #%1       ;pokey2: baseclk=15khz
  sta audctl2
  sty skctl2    ;reset pokeya2
  sty audf12    ;po 3 liniach skaningowych powinno zlapac przerwanie jesli mono
  stx audc12    ;cisza
  sta irqen2    ;irq licznika 1 pokeya2
  
  sta stimer2   ;uruchomienie licznikow (niekoniecznie potrzebne)
  bit irqst
  ldx #8
?stsyncloop:
  stx wsync
  dex
  bne ?stsyncloop
  
  and irqst     ;czy wystapilo przerwanie licznika 1 w pokey1
  lsr @
  
  stx audctl2
  sty skctl2
  lda irqens
  sta irqen
  txa
  rol @         ;A=0 mono; A=1 stereo
  cli

Była wykorzystana w msx collection XL Digital i w playerze NEO do utworów konkursowych Yerzmyeya i Pinokia w Głuchołazach 2010.
A nie działa?

Zmodyfikowałem procedurę odgrywającą sample w taki sposób, że nie pozwalam na przejęcie kontroli, ale sam wywołuję odegranie 2 próbek. Zdaję sobie sprawę z tego, że to, co robię na zewnątrz aż do ponownego wywołania procedury może spowodować niestrojenie (właśnie z powodów o których napisałeś - dzięki), ale właściwie to nie ma tam tego wiele - właśnie chodzi mi o potwierdzenie zjawiska.
Procedury testuję sobie na 80 kolumnowym S2: od VBXE a tam ANTIC jest wyłączony, więc efekt powinien być chyba identyczny.

Edit: A nie 24 z 311.5 okresów (dla PAL oczywiście) :D?

Spróbuj tego - powinno działać.

Źródło to jeszcze pół biedy. Najczęściej jednak dysponuje się kodem maszynowym hehe.
Z moich ostatnich działań nad playerami źródła miałem tylko do RMT i TMC. Do MPT był co prawda opis, jak wykorzystać ale widać gołym okiem, że nie działa to jak należy :/.

Edit: Doszły jeszcze Jaskrowe źródełka do MPT (już włączone) i CMC (nie zostały wykorzystane) i od Epiego do ST (na razie jeszcze niewykorzystane).

Zdekompilowałem i poprawiłem tak, żeby grał nie upakowaną muzykę, ale plik źródłowy. Bardzo prosty.

A tam. Procedury odgrywające prawie do wszystkiego są, więc ja to tylko robię tu murzyńską robotę.

Wersja 0.4 z:
- defaultowo szukane rozszerzenia są teraz CMC, CM3, CMR, DMC,
- powinno poprawnie liczyć ilość instrumentów,
- po napotkaniu komendy STOP player kończy działanie,
- rozpoznawana jest sygnatura plików opisywanych przez Pana Henryka Karpowicza w Serious #11 (.CM3). Na początku sygnatury zamiast bajtu $a0 jest $30.
Można też więcej wymusić przełącznikami niż dotychczas (znaczenie niektórych się zmieniło).

Ze względu na przyjęcie różnych defaultów można uprościć wpis w RUNEXT.CFG i wywalić przełączniki :)

Analogicznie, jak w MPT można też pobrać aktualną wersję stąd.