Winny okazał się układ U405 (74S257). Zapewne z oscyloskopem udało by mi się zdiagnozować ten problem wiele wcześniej. Bardzo pomógł mi ten post dlatego wstawiam cytat dla potomności:
So working backwards...
The 8MHz MPU clock ("CLK8") comes from U400 (STMCU, the memory controller).
This gets its input clock (pin 2, I think) from U401 (GSTSHFTA, the video "shifter") pin 52 and should be a 16MHz signal.
The clock input for U401 (GSTSHFTA) is pin 53 (here the clock is called "MC")U405 (74S257) pin 3 is the 32MHz input clock and pin 4 is the 32MHz output clock.
Bardzo dziękuję wszystkim za pomoc :)