Jeśli pominiesz RTS z inita, to nie zakończy się procedura RESET (WARMST=1, DOSINI nieustawione), poza tym będziesz musiał wyłączyć silnik magnetofonu sam. To nie jest dobra praktyka, choć oczywiście będzie działać.
Edit: ACX ładuje sterowniki bezpośrednio z urządzeń podłączonych do Atari. Relokowalne sterowniki, które będą się ładować na MEMLO. Stąd gry które ładują się do pamięci samodzielnie zazwyczaj uruchamiają się na DOSINI/CASINI żeby przypadkiem coś nie nadpisało im kodu.
Edit 2: Nie zwróciłem uwagi że mówisz o procedurze init z Twojego kodu - tak można go pominąć i wszystko będzie jak należy :)